忙しい月と暇な月で労働時間を変えられる？変形労働時間制とフレックスタイム制の選び方

結論（先に要点）：繁忙期と閑散期の差が大きい会社は、労働時間を月や年の単位で配分し直せます。ただし残業代が消える制度ではありません。使えるのは4種類で、必要な手続と守るべき上限がそれぞれ違います。

労働基準法の原則は1日8時間・1週40時間です（第32条）。変形労働時間制とフレックスタイム制は、この枠を一定の期間の平均で満たせばよいことにする仕組みで、忙しい週に9時間、暇な週に7時間という所定の置き方ができるようになります。

入口でいちばん分かれるのは手続です。1か月単位は労使協定でも就業規則でも入れられますが、1年単位は労使協定でなければ入れられません。フレックスタイム制は清算期間が1か月以内なら届出が要らず、1か月を超えると届出が必要になります。

自社にどの制度が向いているか、協定や就業規則の文言が実態に合っているかは、記事だけでは決まりません。この記事では制度の骨格と、実務で落ちやすいところを整理します。

変形労働時間制は、何を変える制度？

変えるのは所定労働時間の置き方であって、総量ではありません。

労働基準法第32条は、使用者は労働者に、休憩時間を除き1週間について40時間を超えて、1週間の各日については1日について8時間を超えて労働させてはならないと定めています。変形労働時間制は、一定の期間を平均して1週間当たりの労働時間がこの枠を超えなければ、特定された週や特定された日にこれを超えて働かせてよい、という例外です。

つまり「残業代を消す制度」ではなく、「9時間の日と7時間の日をあらかじめ決めておける制度」です。ここを取り違えたまま導入すると、割増賃金の未払いが積み上がります。

1か月単位・1年単位・1週間単位・フレックスは、どこが違う？

4つは、導入の方法と届出の要否がそれぞれ違います。

制度	根拠	導入の方法	期間	労働基準監督署への届出
1か月単位の変形労働時間制	第32条の2	労使協定 または 就業規則その他これに準ずるもの	1か月以内	労使協定で定めたときに必要（様式第3号の2）
1年単位の変形労働時間制	第32条の4	労使協定のみ	1か月を超え1年以内	必要（様式第4号）
1週間単位の非定型的変形労働時間制	第32条の5	労使協定	1週間	必要（様式第5号）
フレックスタイム制	第32条の3	就業規則その他これに準ずるものの定め ＋ 労使協定	清算期間3か月以内	清算期間が1か月を超えるときだけ必要（様式第3号の3）

第32条の5だけは、業種と規模が限られます。小売業、旅館、料理店および飲食店の事業で、常時使用する労働者の数が30人未満の事業場です（労働基準法施行規則第12条の5第1項・第2項）。1日10時間まで労働させることができ、その1週間の各日の労働時間は、少なくとも当該1週間の開始する前に、書面で本人に通知しなければなりません（同条第3項）。

どの制度でも、期間の起算日を就業規則その他これに準ずるものまたは労使協定で明らかにしておく必要があります（同規則第12条の2第1項）。ここが抜けたまま運用している会社は少なくありません。

1か月単位の変形労働時間制は、就業規則だけで入れられる？

入れられます。第32条の2第1項は「書面による協定により、又は就業規則その他これに準ずるものにより」と書いています。4つのうち、労使協定を使わずに入れられるのはこの制度だけです。

届出の要否は、どちらで定めたかで変わります。第32条の2第2項が届出を義務づけているのは「前項の協定」、つまり労使協定です。就業規則で定めた場合は、常時10人以上の労働者を使用する事業場であれば就業規則そのものの届出（第89条）で足ります。就業規則の作成・変更には過半数代表者等の意見聴取と意見書の添付が必要です（第90条）。

労使協定で定める場合は、有効期間の定めを置かなければなりません（労働基準法施行規則第12条の2の2第1項）。就業規則で定める場合には有効期間の定めは要求されていません。長く続ける前提なら就業規則、期間を区切って様子を見るなら労使協定、という選び分けになります。

就業規則そのものの考え方は就業規則は何人から義務か。義務でないものは何かに整理しています。

1年単位の変形労働時間制には、どんな上限がある？

この制度は上限が多く、そこが導入の可否を分けます。労使協定で定める事項は、対象労働者の範囲、対象期間、特定期間、対象期間における労働日および労働日ごとの労働時間、そして有効期間です（第32条の4第1項、労働基準法施行規則第12条の4第1項）。

項目	限度	根拠
対象期間	1か月を超え1年以内	第32条の4第1項第2号
1日の労働時間	10時間	施行規則第12条の4第4項
1週間の労働時間	52時間	同
労働日数（対象期間が3か月を超える場合）	1年当たり280日	同条第3項
連続して労働させる日数	6日	同条第5項
特定期間の連続労働日数	1週間に1日の休日が確保できる日数	同

対象期間が3か月を超えるときは、さらに2つの条件が加わります。労働時間が48時間を超える週が連続する場合の週数が3以下であること、対象期間を初日から3か月ごとに区分した各期間において、労働時間が48時間を超える週の初日の数が3以下であることです（同条第4項第1号・第2号）。

この制度には、週44時間の特例が使えません。 商業、映画・演劇業（映画の製作を除く）、保健衛生業、接客娯楽業で常時10人未満の事業場は、原則として週44時間まで働かせることができます（施行規則第25条の2第1項）。ただし同条が変形労働時間制について44時間を認めているのは第2項（1か月以内の変形）と第3項（清算期間1か月以内のフレックス）だけで、法第32条の4は入っていません。1年単位を選ぶと、その事業場の枠は40時間に戻ります。

フレックスタイム制は、いつ届け出が必要？

清算期間が1か月を超えるときだけです。第32条の3第4項は第32条の2第2項を準用して届出を義務づけつつ、「ただし、清算期間が一箇月以内のものであるときは、この限りでない」と定めています。厚生労働省の手引きも「清算期間が1か月以内の場合には届出は不要です」としています。

導入には2つが要ります。ひとつは、就業規則その他これに準ずるものにより、始業および終業の時刻をその労働者の決定に委ねる旨を定めること。もうひとつは、労使協定で次を定めることです（第32条の3第1項、施行規則第12条の3第1項）。

1. 対象となる労働者の範囲
2. 清算期間（3か月以内）
3. 清算期間における総労働時間
4. 標準となる1日の労働時間
5. コアタイムを定める場合はその開始・終了の時刻
6. フレキシブルタイムに制限を設ける場合はその開始・終了の時刻
7. 清算期間が1か月を超える場合は、労使協定の有効期間の定め

清算期間が1か月を超える場合は、平均で週40時間に収まるだけでは足りません。清算期間を開始の日以後1か月ごとに区分した各期間を平均し、1週間当たりの労働時間が50時間を超えないことも要件になります（第32条の3第2項）。清算期間の上限が1か月から3か月になったのは働き方改革の一環で、厚生労働省の手引きは2019年4月施行としています。

導入すると、残業代はなくなる？

なくなりません。変わるのは「何時間から時間外労働になるか」の数え方です。

変形労働時間制では、あらかじめ特定した所定労働時間を超えて働かせた時間が時間外労働になります。フレックスタイム制では、日ごとの労働時間は労働者自身の決定に委ねられるため、清算期間を単位として時間外労働を判断します（厚生労働省の手引き）。いずれも、時間外労働には第37条の割増賃金がかかります。率は2割5分以上（1か月60時間を超える部分は5割以上）、深夜業は2割5分以上です。

時間外労働をさせること自体には、別に36協定が必要です。上限規制の考え方は残業の上限は36協定で決まる。社労士にどこまで頼めるのかをご覧ください。夜勤・宿直がある職場の数え方はグループホームの夜勤と宿直、労務では何が違うのかに分けて書いています。

導入したあとに、シフトを変えてよい？

1年単位では、原則として変えられません。労働日および労働日ごとの労働時間を協定で特定することが要件だからです（第32条の4第1項第4号）。「あとで決める」という運用は、制度の要件を満たしていないと判断される余地を残します。

対象期間を1か月以上の期間ごとに区分した場合には、逃げ道が用意されています。最初の期間を除く各期間については、協定の段階では労働日数と総労働時間だけを定めておき、各期間の初日の少なくとも30日前に、過半数代表者等の同意を得て、書面で労働日と労働日ごとの労働時間を定めることができます（第32条の4第2項、施行規則第12条の4第2項）。

1か月単位でも、あらかじめ特定した勤務を会社の都合で動かせるという意味にはなりません。変更の可能性があるなら、就業規則や協定に変更の要件と手続を書いておくところから始まります。

途中で入社・退職した人の賃金は、どう精算する？

1年単位には精算の規定があります。対象期間中に働いた期間が対象期間より短い労働者について、その期間を平均して1週間当たり40時間を超えて働かせていた場合は、超えた時間（第33条や第36条第1項により延長し、または休日に労働させた時間を除く）について、第37条の例により割増賃金を支払わなければなりません（第32条の4の2）。

年度の途中で入った人、途中で辞めた人が出るたびに計算が発生します。人の出入りが多い事業場では、この精算が続けられるかどうかが、1年単位を選ぶかどうかの現実的な分かれ目になります。

妊産婦や育児中の人に、そのまま適用してよい？

そのままでは適用できない場面があります。使用者は、妊産婦が請求した場合においては、第32条の2第1項、第32条の4第1項および第32条の5第1項の規定にかかわらず、1週間について40時間、1日について8時間を超えて労働させてはなりません（第66条第1項）。フレックスタイム制（第32条の3）はこの列挙に入っていません。

育児や介護を行う人などへの配慮も定められています。使用者は、第32条の2、第32条の4または第32条の5により労働させる場合には、育児を行う者、老人等の介護を行う者、職業訓練または教育を受ける者その他特別の配慮を要する者について、これらの者が育児等に必要な時間を確保できるような配慮をしなければなりません（労働基準法施行規則第12条の6）。

請求があったときにどう扱うかを、導入時にあらかじめ決めておくのが実務です。育児・介護休業法の側の措置は育児・介護休業法2025年改正で何が変わった？に整理しています。

労使協定の相手は、誰でもよい？

よくありません。過半数で組織する労働組合がない事業場では、過半数代表者を選ぶことになりますが、その要件が定められています（労働基準法施行規則第6条の2第1項）。

1. 第41条第2号に規定する監督または管理の地位にある者でないこと
2. 法に規定する協定等をする者を選出することを明らかにして実施される投票、挙手等の方法による手続により選出された者であって、使用者の意向に基づき選出されたものでないこと

会社が指名した人、親睦会の代表を自動的に充てた人は、この2つ目を満たしません。協定そのものの効力が問われます。使用者は、過半数代表者であることや、なろうとしたこと、正当な行為をしたことを理由として不利益な取扱いをしてはならず（同条第3項）、協定に関する事務を円滑に遂行できるよう必要な配慮を行わなければなりません（同条第4項）。

締結した協定は、周知の対象です。第32条の2第1項、第32条の3第1項、第32条の4第1項および第32条の5第1項の協定は、常時各作業場の見やすい場所へ掲示または備え付けること、書面を交付することその他の方法により、労働者に周知させなければなりません（第106条第1項）。

四葉社会保険労務士事務所は、何ができますか？

当事務所がお引き受けするのは、制度の選定材料の整理と、書面と運用をそろえるところです。

• どの制度が自社の繁閑の形に合うかを比較する材料の整理
• 労使協定の作成と、所轄労働基準監督署長への提出代行
• 就業規則・賃金規程の改定（始業終業の時刻、起算日、変更の手続、休日の定め方）
• 過半数代表者の選出手続の設計と、選出支援
• 導入後の割増賃金の計算方法と、勤怠の締めのつくり直し
• 妊産婦・育児介護を行う人からの請求があったときの取扱いの整理

労働基準法は社会保険労務士法別表第一第1号に掲げられており、これに基づく申請書等の作成は同法第2条第1項第1号、提出に関する手続の代行は同項第1号の2の業務です。労務管理その他の労働に関する事項についての相談・指導は同項第3号にあたります。なお、当事務所の報酬額表では、労働者代表の選出支援を無料としています。

次のものは、当事務所では扱いません。

• 割増賃金の未払いをめぐって争いになった場面の交渉・訴訟 → 弁護士への相談をご案内します
• 賃金の税務上の処理、年末調整 → 税理士へおつなぎします
• 会社の登記に関する手続 → 司法書士へおつなぎします
• 許認可の申請書類の作成 → 四葉行政書士事務所が別の事業体として承ります
• 事業所や社宅の賃貸借 → 四葉不動産株式会社が別の事業体として承ります

四葉不動産株式会社、四葉行政書士事務所、四葉社会保険労務士事務所は、それぞれ独立した事業体として業務を受任します。他の専門家をご紹介する場合も、お客様に直接ご契約いただく形をご案内し、当事務所は紹介料を受け取りません。

ご相談は無料です。費用は報酬額表に、サービス内容とご相談の流れもあわせてご覧ください。

よくある質問

Q. 1か月単位の変形労働時間制は、届出をしなければ無効ですか？
A. 何で定めたかで変わります。労働基準法第32条の2第2項が届出を義務づけているのは労使協定です。就業規則その他これに準ずるものによって定めた場合は、この項の届出義務の対象ではなく、常時10人以上の労働者を使用する事業場であれば就業規則の届出（第89条）で対応することになります。届出をしていない場合の個別の効力については、当事務所では結論を出しません。

Q. 週44時間まで働かせられる事業場ですが、1年単位の変形労働時間制も使えますか？
A. 制度自体は使えますが、44時間の枠は使えません。労働基準法施行規則第25条の2は、44時間の特例を第1項（原則）、第2項（1か月以内の変形労働時間制）、第3項（清算期間1か月以内のフレックスタイム制）について定めており、法第32条の4は対象に含まれていません。第32条の4第1項は「1週間当たりの労働時間が40時間を超えない範囲内において」と定めています。

Q. フレックスタイム制でコアタイムを置かないことはできますか？
A. できます。労働基準法施行規則第12条の3第1項は、コアタイム（労働者が労働しなければならない時間帯）を「定める場合には」その開始・終了の時刻を協定で定めるとしており、置くこと自体は義務ではありません。フレキシブルタイムの制限も同じく任意です。ただし労使協定で定めなければならない事項（対象労働者の範囲、清算期間、清算期間における総労働時間、標準となる1日の労働時間）は省けません。

Q. 1年単位で決めた勤務日を、繁忙のため増やしたいときはどうしますか？
A. 協定で特定した労働日を後から増やすことは、制度の要件と正面からぶつかります。対象期間を1か月以上の期間ごとに区分している場合は、最初の期間を除く各期間について、初日の少なくとも30日前に過半数代表者等の同意を得て、書面で労働日と労働日ごとの労働時間を定める方法があります（第32条の4第2項）。それ以外の場面で必要になった労働は、36協定の範囲で時間外労働・休日労働として扱い、割増賃金を支払うのが原則の形です。

この記事の根拠

• 労働基準法（昭和22年法律第49号）第32条 ── 休憩時間を除き1週間について40時間、1週間の各日については1日について8時間
• 同法第32条の2第1項 ── 「書面による協定により、又は就業規則その他これに準ずるものにより、一箇月以内の一定の期間を平均し一週間当たりの労働時間が前条第一項の労働時間を超えない定めをしたとき」
• 同法第32条の2第2項 ── 「使用者は、厚生労働省令で定めるところにより、前項の協定を行政官庁に届け出なければならない」
• 同法第32条の3第1項 ── 就業規則その他これに準ずるものにより始業および終業の時刻をその労働者の決定に委ねることとした労働者について、労使協定で第1号（対象労働者の範囲）・第2号（清算期間。3箇月以内の期間に限る）・第3号（清算期間における総労働時間）・第4号（その他厚生労働省令で定める事項）を定めたとき
• 同法第32条の3第2項 ── 清算期間が1箇月を超える場合は、開始の日以後1箇月ごとに区分した各期間を平均し1週間当たりの労働時間が50時間を超えないこと
• 同法第32条の3第4項ただし書 ── 「ただし、清算期間が一箇月以内のものであるときは、この限りでない」（届出義務の除外）
• 同法第32条の4第1項 ── 労使協定で第1号〜第5号を定めたときに、対象期間（1箇月を超え1年以内）を平均し1週間当たりの労働時間が40時間を超えない範囲内で
• 同法第32条の4第2項 ── 区分した各期間のうち最初の期間を除く各期間について、初日の少なくとも30日前に過半数代表者等の同意を得て労働日および労働日ごとの労働時間を定める
• 同法第32条の4の2 ── 対象期間より短い期間労働させた労働者について、平均し1週間当たり40時間を超えた時間の労働は第37条の例により割増賃金
• 同法第32条の5 ── 日ごとの業務に著しい繁閑の差が生ずることが多く、各日の労働時間を特定することが困難な厚生労働省令で定める事業で、常時使用する労働者の数が厚生労働省令で定める数未満のものについて、労使協定があるときは1日について10時間まで
• 同法第37条第1項・第4項 ── 時間外・休日は2割5分以上5割以下の範囲内で政令で定める率以上、1箇月60時間超は5割以上、深夜（午後10時から午前5時まで）は2割5分以上
• 同法第66条第1項 ── 妊産婦が請求した場合は、第32条の2第1項、第32条の4第1項および第32条の5第1項にかかわらず、1週間40時間・1日8時間を超えて労働させてはならない
• 同法第89条・第90条 ── 常時10人以上の事業場の就業規則の作成・届出義務、作成・変更にあたっての過半数代表者等の意見聴取と意見書の添付
• 同法第106条第1項 ── 第32条の2第1項、第32条の3第1項、第32条の4第1項、第32条の5第1項に規定する協定等の周知義務
• 労働基準法施行規則（昭和22年厚生省令第23号）第6条の2第1項第1号・第2号 ── 過半数代表者は、監督または管理の地位にある者でないこと、および協定等をする者を選出することを明らかにして実施される投票、挙手等の方法により選出された者であって使用者の意向に基づき選出されたものでないこと。同条第3項（不利益取扱いの禁止）・第4項（必要な配慮）
• 同規則第12条の2第1項 ── 法第32条の2から第32条の4までの期間の起算日を明らかにする
• 同規則第12条の2の2 ── 第1項＝法第32条の2第1項の協定には有効期間の定めをする、第2項＝届出は様式第3号の2により所轄労働基準監督署長に
• 同規則第12条の3 ── 第1項＝法第32条の3第1項第4号の厚生労働省令で定める事項（標準となる1日の労働時間、コアタイム、フレキシブルタイム、清算期間が1箇月を超える場合の有効期間の定め）、第2項＝届出は様式第3号の3
• 同規則第12条の4 ── 第1項＝有効期間の定め、第2項＝法第32条の4第2項の定めは書面により、第3項＝対象期間が3箇月を超える場合の労働日数の限度は1年当たり280日、第4項＝1日10時間・1週52時間、対象期間が3箇月を超えるときは48時間超の週が連続3以下・3箇月ごとの区分で48時間超の週の初日が3以下、第5項＝連続して労働させる日数の限度は6日、特定期間は1週間に1日の休日が確保できる日数、第6項＝届出は様式第4号
• 同規則第12条の5 ── 第1項＝小売業、旅館、料理店および飲食店の事業、第2項＝30人、第3項＝1週間の各日の労働時間の通知は少なくとも当該1週間の開始する前に書面で、第4項＝届出は様式第5号
• 同規則第12条の6 ── 育児を行う者、老人等の介護を行う者、職業訓練または教育を受ける者その他特別の配慮を要する者への配慮
• 同規則第25条の2第1項 ── 法別表第一第8号（物品の販売、配給、保管若しくは賃貸又は理容の事業）、第10号（映画の製作又は映写、演劇その他興行の事業。映画の製作を除く）、第13号（病者又は虚弱者の治療、看護その他保健衛生の事業）、第14号（旅館、料理店、飲食店、接客業又は娯楽場の事業）で常時10人未満の労働者を使用するものは1週間44時間・1日8時間。第2項＝1箇月以内の変形、第3項＝清算期間1箇月以内のフレックスタイム制。法第32条の4は同条の対象に含まれていない
• 厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」── 「働き方改革の一環として、フレックスタイム制に関する法改正が行われました。（2019年4月施行）」「清算期間が1か月以内の場合には届出は不要です」「フレックスタイム制においては、清算期間を単位として時間外労働を判断」
• 社会保険労務士法（昭和43年法律第89号）第2条第1項第1号（申請書等の作成）・第1号の2（提出に関する手続の代行）・第3号（相談・指導）、別表第一第1号（労働基準法）
• 条文は2026年8月22日に e-Gov 法令検索の法令データ提供API（法令ID 322AC0000000049・322M40000100023・343AC1000000089）を取得して確認。公的資料は同日に確認

この記事は、個別の該当性を判断するものではありません。四葉社会保険労務士事務所では、変形労働時間制・フレックスタイム制の選定材料の整理、労使協定の作成と提出代行、就業規則・賃金規程の改定、過半数代表者の選出手続の設計、導入後の割増賃金の計算方法と勤怠の締めの組み直しについてご相談いただけます。割増賃金の未払いをめぐって争いになった場面の交渉・訴訟は当事務所では扱わず、弁護士への相談をご案内します。賃金の税務上の処理と年末調整は税理士へ、会社の登記は司法書士へおつなぎします。許認可の申請書類は四葉行政書士事務所が、事業所や社宅の賃貸借は四葉不動産株式会社が、それぞれ別の事業体として承ります。別の専門家が必要な場合は、それぞれ別契約となり、紹介料はありません。よくいただくご質問はよくあるご質問にまとめています。

本記事は一般的な情報提供です。個別のご事情に応じた判断は、面談のうえ資格者が行います。執筆は浦松丈二（社会保険労務士・行政書士・宅地建物取引士）です。